Občas se stává, že některá ze stran (nejčastěji obžalovaný), namítne, že soud je v dané trestní věci podjatý. V naprosté většině případů je ale tato námitka vedena nespokojeností obžalovaného s opatřeními, které proti němu ze strany soudu byly zákonným postupem použity, nebo lichou domněnkou, že se vznesením této námitky podaří odvrátit provedení hlavního líčení a vynesení rozsudku.
Pokud je námitka podjatosti vznesena, musí se jí soud (nebo jiný orgán činný v trestním řízení, byla-li vznesena proti tomuto orgánu) zabývat a rozhodnout o ní. O námitce tedy rozhoduje ten orgán, proti němuž byla námitka vznesena. Proti usnesení, jímž bylo o námitce rozhodnuto, je sice přípustná stížnost, avšak ta nemá odkladný účinek. Pokud tedy např. obviněný v průběhu hlavního líčení namítne podjatost předsedy senátu, může soud okamžitě o této námitce rozhodnout. Pokud tuto námitku považuje za nedůvodnou, může dál pokračovat v hlavnímu líčení, a to přesto, že obviněný si proti usnesení, jímž bylo o námitce rozhodnuto, podal stížnost. Teprve pokud by soud druhého stupně stížnosti vyhověl a námitku podjatosti by shledal důvodnou, byly by úkony učiněné vyloučeným soudcem neúčinné a celá věc by musela být projednána znovu jiným soudcem.
Po podání námitky podjatosti soud (nebo jiný orgán trestního řízení) rozhoduje o tom, zda je či není vyloučen z projednávání dané trestní věci. O tom, že z dané trestní věci je orgán činný v trestním řízení vyloučen, může tento orgán rozhodnout i sám bez námitky podjatosti, pokud zjistí, že důvody k vyloučení existují (pokud např. soudce zjistí, že obžalovaným je bývalý manžel jeho sestry, nebude čekat, až někdo podá námitku podjatosti, a sám se z projednávání věci vyloučí).
Důvody k vyloučení orgánu činného v trestním řízení z účasti na daném trestním řízení vymezuje trestní řád zcela jednoznačně. Každý orgán činný v trestním řízení je především vyloučen z projednávání věci, pokud by mohly vzniknout důvodné pochybnosti o jeho poměru (kladném či záporném) k projednávané věci nebo k osobám, jichž se trestní řízení týká. Rovněž je vyloučen ten orgán, který v dané trestní věci již vykonával nějaké úkony v předchozí fázi tohoto řízení jako jiný orgán činný v trestním řízení (např. pokud by se soudce okresního soudu stal soudcem krajského soudu, nemůže se zúčastnit projednávání odvolání proti rozsudku, který sám vydal). Konečně pak jsou soudci vyloučeni i tehdy, jestliže v přípravném řízení (tedy ještě před podáním obžaloby) vydávali v dané věci některé zákonem stanovené rozhodnutí. Konkrétně se jedná o rozhodnutí o vazbě, nařízení domovní prohlídky a vydání příkazu k zatčení.
