O vině a trestu může podle článku 90 Ústavy České republiky rozhodovat jedině soud. Stejně tak tuto skutečnost deklaruje i článek 40 Listiny základních práv a svobod. Tyto dva základní právní předpisy vylučují, že by o vině či trestu mohl rozhodovat někdo jiný, např. policie, státní zástupce, či jiný státní orgán. Toto ustanovení zároveň zaručuje obviněnému právo na spravedlivý proces před nezávislým soudem.
Trestní řád přesně vymezuje, které soudy jsou příslušné k projednání obžalob v trestních věcech. V prvním stupni o podaných obžalobách rozhodují jen okresní nebo krajské soudy.
Okresní soudy rozhodují ve všech trestních věcech jako soudy prvního stupně, nestanoví-li trestní řád v konkrétních případech něco jiného. Dále okresní soudy vydávají některá rozhodnutí v přípravném řízení (tj. ještě před podáním obžaloby). Jedná se například o nařizování domovních prohlídek, rozhodování o vazbách či nařízení odposlechu a záznamu telekomunikačního provozu (viz dokument Rozhodování soudu v přípravném řízení).
Krajské soudy rozhodují v prvním stupni o trestných činech, u nichž dolní hranice trestu odnětí svobody je zákonem stanovena nejméně na 5 let nebo pokud za ně lze uložit výjimečný trest. Dále krajské soudy v prvním stupni projednávají obžaloby, týkající se zvlášť vyjmenovaných trestných činů (jde zejména o trestné činy směřující proti zájmům státu jako takového /např. vlastizrada/, trestné činy spáchané prostřednictvím cenných papírů a některé trestné činy hospodářské /např. porušování předpisů o zahraničním obchodu s vojenským materiálem/). Krajské soudy dále rozhodují o odvoláních a stížnostech podaných proti rozhodnutím okresních soudů.
Vrchní soudy (jsou jen dva – v Praze a v Olomouci) rozhodují o odvoláních a stížnostech, podaných proti prvostupňovým rozhodnutím krajských soudů. Kromě toho rozhodují o nařízení některých úkonů v přípravném řízení, např. povolení použití agenta.
Nejvyšší soud České republiky (sídlí v Brně) rozhoduje o mimořádných opravných prostředcích, konkrétně o dovolání a stížnosti pro porušení zákona, případně o stížnostech proti rozhodnutím vrchních soudů.
Soudy provádějí i některé další úkony v trestním řízení, jejich příslušnost pro tyto úkony pak stanoví trestní řád jednotlivě pro konkrétní typ úkonu.
Výše uvedené informace hovoří pouze o tom, který typ soudu bude v jednotlivých případech rozhodovat (hovoříme o tzv. věcné a funkční příslušnosti soudu). Je ale také třeba zmínit, který konkrétní soud je příslušný k projednání konkrétních trestních věcí. Jde o příslušnost místní.
Zásadně platí, že řízení koná ten soud, v jehož obvodu byl trestný čin spáchán. Došlo-li ke spáchání činu na více místech (např. obviněný měl vykrást větší množství rekreačních chalup na více okresech), je příslušný každý soud, v jehož obvodu došlo ke spáchání. V takových případech pak obžalobu zpravidla projednává ten soud (z více příslušných), u něhož státní zástupce podal obžalobu.
Jestliže nejde místo spáchání zjistit nebo byl-li čin spáchán v cizině, koná řízení ten soud, v jehož obvodu obviněný bydlí, pracuje nebo se zdržuje. Pokud nejde zjistit ani tato místa, koná řízení soud, v jehož obvodu trestný čin vyšel najevo.
